三疣梭子蟹微衛(wèi)星富集文庫的構建及五個野生地理群的多樣性分析.pdf

1、本文采用富集文庫-菌落原位雜交法構建了三疣梭子蟹微衛(wèi)星富集文庫,分離篩選出30對擴增條帶清晰穩(wěn)定,多態(tài)性較高的引物,選取其中8對引物對我國由南到北五個群體(舟山、海州灣、青島即墨會場、萊州灣、鴨綠江口)的野生三疣梭子蟹的遺傳多樣性進行了比較分析,對于加快育種進程,提高選擇效率具有重要的意義。論文具體內容如下:
　　 1、利用富集文庫.菌落原位雜交法篩選三疣梭子蟹微衛(wèi)星標記,通過固定了(AC)15和(AG)15探針的尼龍膜(Hyb

2、ond N+)捕捉含有微衛(wèi)星的片段,轉化至大腸桿菌DH5a中,構建三疣梭子蟹微衛(wèi)星富集文庫。菌落原位雜交后,任意選取150個克隆進行測序,得到124條序列,其中18個克隆的核心序列重復數(shù)太少或不含有重復序列,106個含重復序列的克隆中均只含有微衛(wèi)星位點,陽性克隆率為85.48％。通過重復序列篩查去除冗余部分,得到103個獨立克隆序列,其中完美型43個,占41.75％;非完美型8個,占7.767％;復合型52個,占50.48％,共176個

3、微衛(wèi)星位點。利用軟件共設計了105對微衛(wèi)星引物,81對引物能夠得到清晰的預期長度的擴增片段,56對引物表現(xiàn)出多態(tài)性。用30個野生三疣梭子蟹個體進行遺傳信息評價,結果顯示30個位點在該群體中具有較高多態(tài)性。不同的位點獲得的等位基因數(shù)目從3～13個不等,共獲得238個等位基因,平均每個位點獲得8.0個等位基因,觀測雜合度、期望雜合度及多態(tài)性信息含量值的范圍分0.2222～1.0000、0.4367～0.9099和0.350～0.892,研究

4、結果表明富集文庫-菌落原位雜交法適合于大規(guī)模篩選目標物種的微衛(wèi)星標記。
　　 2、選取8對引物對三疣梭子蟹5個野生地理群體進行多樣性分析,結果顯示,8個位點在5個三疣梭子蟹群體的120個個體中共擴增得到72個等位基因,不同引物獲得的等位基因數(shù)從6～12不等,平均每個位點獲得的等位基因數(shù)目為9.0個。有效等位基因數(shù)在2.9058～7.7901之間,平均每個位點檢測的有效等位基因數(shù)目為5.4677個。
　　 3、計算各位點的

5、多態(tài)信息含量,8個位點在5個群體中得到的多態(tài)信息含量有所不同,其中位點PTR112在HZ群體中獲得的多態(tài)信息含量最高為0.8349,而位點PTR103b在HZ群體中的多態(tài)信息含量最低為0.3794。統(tǒng)計各位點在各群體中的PIC值發(fā)現(xiàn),只有兩個PIC值低于0.5,屬于中度多態(tài)性位點,其他PIC值均大于0.5。從8個位點在每個群體中的平均多態(tài)信息含量來看,PIC值從0.6748～0.7138不等,均大于0.5;從各微衛(wèi)星位點的平均多態(tài)信息含

6、量來看,PIC值在0.5394～0.8003之間,同樣都大于0.5,平均多態(tài)信息含量為0.6967。由此可見,所選擇的微衛(wèi)星位點具有豐富的多態(tài)性,能夠在分子水平上很好的反映5個地理群體間和群體內的遺傳關系。
　　 4、8個位點在5個群體中所反映的群體雜合度有較大差異,其中位點PTR45在LZ群體的觀測雜合度最高為0.9167,位點PTR103b在HZ群體的觀測雜合度最低為0.4091。在某一個群體中的各位點的觀測雜合度也差異較大

7、,表明用單個位點進行群體雜合度的檢測,其結果并不一定能夠代表群體的真實雜合度水平,通常取多個位點雜合度的平均值。根據(jù)所得的雜合度平均值可知,5個群體的平均期望雜合度相差不大,以LZ群體的最高He=0.7704,ZS群體的雜合度最低He=0.7283;平均觀測雜合度在0.6481～0.7604之間。觀察5個群體的觀測雜合度和期望雜合度發(fā)現(xiàn),二者均相差較小,說明每個群體內的等位基因頻率都未偏離HW平衡。通過對5個群體中各位點的卡方檢驗可知,

8、除了LZ群體和HC群體的PTR145位點,HZ群體的PTR98a和PTR112位點以及ZS群體的PTR98a和PTR103b位點表現(xiàn)為顯著和極顯著偏離HW平衡外,其余位點均符合HW平衡。
　　 5、通過計算種群間的遺傳距離和遺傳相似性指數(shù)表明,三疣梭子蟹5個群體間的遺傳距離在0.2451～0.5179之間,遺傳相似性指數(shù)從0.5958～0.7826,其中HC和HZ的遺傳距離最小,相似性最高,LZ和ZS的遺傳距離最遠,相似性最小。