壯體長(zhǎng)春鳊線粒體基因組全長(zhǎng)測(cè)定及團(tuán)頭魴密碼子偏好模型分析.pdf

1、壯體長(zhǎng)春鳊（Parabramis pekinensis strenosoma）與團(tuán)頭魴（Megalobramaamblycephala）都是我國(guó)生長(zhǎng)快、抗病強(qiáng)、營(yíng)養(yǎng)價(jià)值高的人工養(yǎng)殖優(yōu)質(zhì)草食性魚類。壯體長(zhǎng)春鳊作為長(zhǎng)春鳊的一個(gè)亞種，具有優(yōu)良的肥滿度等生長(zhǎng)特性，因此有著更大的經(jīng)濟(jì)價(jià)值和淡水養(yǎng)殖潛力。與此同時(shí)，壯體長(zhǎng)春鳊的這種形態(tài)學(xué)變異是研究遺傳變異與表型差異的理想生物材料。團(tuán)頭魴天然群體由于其生境被人為污染破壞和不合理的捕撈，已顯現(xiàn)出種群生物

2、量驟減、體形驅(qū)小等狀況;另外，其養(yǎng)殖群體由于近親交配，也出現(xiàn)了生長(zhǎng)速度變慢、性成熟個(gè)體變小和抗病力變差等情況。為了長(zhǎng)春鳊和團(tuán)頭魴種業(yè)的科學(xué)發(fā)展，其種質(zhì)資源保護(hù)和遺傳改良等相關(guān)研究工作已顯得非常重要。然而目前對(duì)壯體長(zhǎng)春鳊的線粒體基因組分子數(shù)據(jù)報(bào)道甚少，團(tuán)頭魴甚至魚類基因組學(xué)層面的密碼子偏好模型研究分析也沒有報(bào)道。
　　(1)基于近源物種長(zhǎng)春鳊設(shè)計(jì)14對(duì)引物，對(duì)壯體長(zhǎng)春鳊線粒體全基因進(jìn)行了擴(kuò)增和序列分析，其全長(zhǎng)16，623bp，A+T

3、堿基占55.93％，表現(xiàn)一定A+T堿基偏好性，共含有37個(gè)基因和2個(gè)主要的非編碼區(qū)，其的位置排列與已公布的其他大部分鯉科魚類基本相一致，通過比較分析其與長(zhǎng)春鳊核苷酸相似度高，屬內(nèi)分化不明顯;基于13個(gè)蛋白編碼基因的鲌亞科系統(tǒng)發(fā)育樹基本可靠，屬內(nèi)物種聚類較好與形態(tài)學(xué)分類基本一致。
　　(2)基于14種魚白亞科線粒體基因組數(shù)據(jù)，分析了團(tuán)頭魴密碼子使用偏好性及與其它鲌亞科魚類使用的差異，團(tuán)頭魴對(duì)密碼子的使用有著較強(qiáng)偏好性，發(fā)現(xiàn)了有25偏

4、好性的密碼子，在同義密碼子使用中，團(tuán)頭魴更偏好使用A結(jié)尾的密碼子;團(tuán)頭魴與長(zhǎng)春鳊、大眼華鳊密碼子使用偏好差異較小，與餐、海南鲌、翹嘴鲌、紅鰭原鲌差異略大與寡鱗飄魚差異最大，差異大小與親緣關(guān)系相一致，密碼子的偏好較好的反映了鲌亞科魚類的進(jìn)化關(guān)系。
　　(3)基于團(tuán)頭魴RNA-seq數(shù)據(jù)對(duì)密碼子和密碼子對(duì)使用偏好進(jìn)行了全面分析。識(shí)別出了5個(gè)高頻密碼子，而NUA和NCG密碼子使用頻率較低。此外還識(shí)別出了724個(gè)高頻密碼子對(duì)，其編碼335

5、個(gè)氨基酸對(duì);和14個(gè)偏好使用與199避免使用密碼子對(duì)。密碼子使用在基因不同位置有較大異質(zhì)性，靠近起始和終止密碼子附近的異質(zhì)性最大，且有保守的側(cè)翼序列或相鄰密碼子。基因間的密碼子使用偏好主要有GC3驅(qū)使，有6個(gè)GO分類和甲基化調(diào)節(jié)受基因GC3的影響。脊椎動(dòng)物的密碼子模型都有著物種差異性且與進(jìn)化地位有關(guān)，使用密碼子對(duì)的偏好對(duì)脊椎動(dòng)物的進(jìn)化估計(jì)更加準(zhǔn)確。
　　本研究為評(píng)估利用壯體長(zhǎng)春鳊種質(zhì)資源，探究屬內(nèi)遺傳變異及相關(guān)育種工作提供了分子資