基于Linux高性能集群的GeoFEM系統(tǒng)移植與應(yīng)用.pdf

1、本文介紹了基于Linux和MPI的PC集群的構(gòu)建方法、基于PC集群的GeoFEM系統(tǒng)移植方法、GeoFEM的基本應(yīng)用流程，以及應(yīng)用GeoFEM對彈性體受力邊值問題，即受到邊界力時的內(nèi)部結(jié)點(diǎn)位移進(jìn)行模擬的過程與結(jié)果。 GeoFEM是一套開放源代碼的大型并行有限元數(shù)值模擬軟件，是日本RIST小組(Research Organization for Information Science ＆Technology)地球模擬器(Earth

2、 simulator-ES)項(xiàng)目的軟件成果之一，其在網(wǎng)格生成和解方程組方面有著十分突出的功能，能對多種地球現(xiàn)象進(jìn)行數(shù)值模擬。本文側(cè)重介紹GeoFEM的移植、測試與應(yīng)用。 本文的主要工作及成果如下： (1)在榮瑩的研究基礎(chǔ)<'[9]>之上，重新架構(gòu)并改進(jìn)其所構(gòu)建的COW型PC集群。新集群架設(shè)過程中，完善了。NFS、NIS、RSH的架構(gòu)與測試方法，并采用SSH替代RSH作為外部用戶登陸本地集群時的Shell；架設(shè)了常用的服務(wù)

3、器工具：用autofs實(shí)現(xiàn)NFS和常用外設(shè)的自動掛載，開放遠(yuǎn)程Windows用戶使用Putty登陸時的端口，配置Samba服務(wù)器使得各結(jié)點(diǎn)無論在Linux還是在Windows下都能即時通信，架構(gòu)Vsfipd使得各節(jié)點(diǎn)機(jī)能夠方便地共享文件。新集群文件共享的便宜性、系統(tǒng)的健壯性都有提高。 (2)安裝調(diào)試了Intel Fortran/CC/C++compiler，和MPI，移植并測試了GeoFEM的多個模塊：IV_constru~，S

4、T，cubmesh，dynamic_linear，gdlcomp，partGeoFEM， static_linear，thermal， ucdl_pvr_module， surfurce_module，thermal_fluid，基本弄清楚了GeoFEM的處理流程與使用方法，并整理成文(由于GeoFEM非商業(yè)化軟件，沒有詳細(xì)的使用說明，原Manual非常粗糙，使用起來很不方便)。 (3)在新移植的GeoFEM系統(tǒng)中，利用其已經(jīng)開