肝癌發(fā)展的分子機制與關(guān)系網(wǎng)絡(luò).pdf

1、華東師范大學碩士學位論文肝癌發(fā)展的分子機制與關(guān)系網(wǎng)絡(luò)姓名：何冰申請學位級別：碩士專業(yè)：生物醫(yī)學指導教師：石鐵流20100501A B S T R A C TL i v e r i sa ni m p o r t a n t o r g a ni nh u m a n b o d y ．H e p a t o c e l l u l a rc a r c i n o m a ( H C C ) i s a m a j o r h e a

2、l t hp r o b l e m w o r l d w i d e ．i ti st h es i x t hm o s t c o m m o n n e o p l a s m i nt h e w o r l d w i t hm o r e t h a nh a l fam i l l i o n n e wc a s e s a n n u a l l y , a n d t h e m a i n c a u s e

3、o fd e a t h a m o n gc i r r h o t i c p a t i e n t s ．C a r c i n o g e n e s i s o f H C C i s a c o m p l e x a n d m u l t i s t e p p r o c e s s e s ，w h i c hi sa s s o c i a t e dw i t hm a n yr i s k f a c t o

4、 r s ．H e p a t i t i s Bv i r u s ( H B v ) a n dh e p a t i t i sCv i r u s ( H C V ) i n f e c t i o n s ，i n t a k e so fa l c o h o la n da f l a t o x i n a r ew i d e l yr e c o g n i z e d a st h ef o u rm a j o

5、r e t i o l o g i c a lf a c t o r s o f H C C ．T h er i s ko f H C C i np a t i e n t sw i t hc h r o n i ch e p a t i t i sC i st h eh i i g h e s ta n d h a sb e e nw e l ls t u d i e di np a t i e n t sw h o h a v ee

6、 s t a b l i s h e dc i r r h o s i s , i nw h o mt h ei n c i d e n c eo f H C C i sb e t w e e n2 ％- 8 ％p e ry e a r a sr e p o r t e db a s e do nc l i n i cs t u d i e s ．A l t h o u g hp r e v i o u sc l i n i c

7、83;b a s e ds t u d i e s r e v e a l e dc l o s e r e l a t i o n s h i p s a m o n g h e p a t i t i s C ，c i r r h o s i s a n d H C C ，t h e u n d e r l y i n g m o l e c u l a rm e c h a n i s m o f t h e s e p h e

8、n o m e n a s t i l lr e m a i n su n c l e a r ．W i t ht h e t r e m e n d o u s i n c r e a s ei nh u m a np r o t e i n i n t e r a c t i o n d a t a ，n e t w o r k a p p r o a c h h a s a l r e a d y b e e n e m p l

9、o y e d t o u n d e r s t a n dm o l e c u l a rm e c h a n i s m so f d i s e a s e s ，p a r t i c u l a r l yt o a n a l y z ec a r c i n o g e n e s i sa n d t h eg e n o t y p er e l a t e d t o t h ec a n c e r p h

10、e n o t y p e ．H o w e v e r ' m o s te f f o r t s o n l y f o c u s e d o n p r o t e i n ·p r o t e i ni n t e r a c t i o n n e t w o r k ．M o r e o v e r , f e wo ft h e s ee f f o r t ss t u d i e d t h ed

11、 y n a m i cn e t w o r kc h a n g e sd u r i n gt h ed e v e l o p m e n t a n d p r o g r e s s i o no f H C C ，w h i c hw i l l b eh e l p f u li nu n d e r s t a n d i n gt h em o l e c u l a rm e c h a n i s m s o f

12、 h e p a t o c a r c i n o g e n e s i s ．W eh a v ei n t e g r a t e d m u l t i p l ed a t a s o u r c e s a td i f f e r e n tl e v e l s , e s p e c i a l l yw i t hr e g a r dt ob i o l o g i c a lp a t h w a y sa n

13、 d i n t e r a c t i o nn e t w o r k s ，a n db u i l t A T P —H L ( A t l a so fT r a n s c r i p t o m i c sa n d P r o t e o m i c si n H u m a nL i v e r ) d a t a b a s ea n dH C C N e t ( H e p a t o c e l l u l a

14、r c a r c i n o m a n e t w o r k ) d a t a b a s ep r e v i o u s l y ．I tl a y s t h ef o u n d a t i o n f o eo u r c u r r e n t w o r k ．W i t h t h e i n t e g r a t i o n o f p r o t e i n - p r o t e i n i n t e

15、r a c t i o n s ( P P I s ) d a t a ,t r a n s c r i p t i o n a lr e g u l a t o r y i n t e r a c t i o n s ( T R I s ) d a t aa n d m i c r o a r r a yd a t ac o v e r i n gh e p a t i t i sC ．c i r r h o s i s a n d

16、B a r c e l o n a C l i n i cL i v e r C a n c e r ( B C L C ) s t a g i n g H C C ．w e c a r r i e do u ta d y n a m i cb i o l o g i c a ln e t w o r k a n a l y s i s i nt h ep r o g r e s s i o no f H C V i n d u c e

17、 d h e p a t o c a r c i n o g e n e s i s ．F i n a l l y ,w ec o n s t r u c t e d d i s e a s e ·r e l a t e d b i o l o g i c a l n e t w o r k f o re a c h d i s e a s e s t a g e a n d i d e n t i f i e dH C C

18、—r i s k ys u bn e t w o r k st h a tm a y p l a yr o l e si n t h ed e v e l o p m e n ts t a g e o f t h ec o r r e s p o n d i n gd i s e a s e a n d m a y p a r t i c i p a t e i n t h e f o l l o w i n g p r o g r e