一步法和多性狀基因組選擇在西門塔爾牛群體中的應(yīng)用研究.pdf

1、基因組選擇是針對基因組范圍內(nèi)的高密度標記進行的標記輔助選擇。在肉牛群體中進行基因組選擇可以縮短世代間隔，提高育種值估計的準確性，同時可以有效縮短我國肉牛育種與國際肉牛育種的差距。本論文針對我國肉牛育種中存在的表型數(shù)據(jù)缺失，系譜記錄不完善等問題，依托中國肉用西門塔爾牛資源群進行一步法和多性狀基因組選擇研究，主要創(chuàng)新性成果如下:
　　(1)本研究首次利用我國1217頭西門塔爾牛的20個重要經(jīng)濟性狀，包括生長發(fā)育性狀、胴體性狀和肉質(zhì)性狀

2、，通過SNP數(shù)據(jù)構(gòu)建個體間關(guān)系矩陣并利用REML(Restricted maximumlikelihood)算法進行遺傳參數(shù)評估，為下一步進行一步法和多性狀基因組選擇研究提供基礎(chǔ)。結(jié)果顯示，生長性狀中的日增重和宰前活重屬于中高遺傳力性狀;胴體性狀中的里脊、前腱子、金錢腱、米龍、黃瓜條、和尚頭、臀肉、后腱子和零售肉重屬于中高遺傳力性狀，外脊、眼肌和上腦屬于中等遺傳力性狀，背膘厚屬于低遺傳力性狀;肉質(zhì)性狀中的眼肌面積屬于高遺傳力性狀，而剪切

3、力則屬于低遺傳力性狀，20個性狀的遺傳力范圍為0.15～0.62。
　　(2)利用模擬數(shù)據(jù)集和西門塔爾牛真實數(shù)據(jù)集進行一步法研究，探索表型缺失數(shù)據(jù)對一步法模型中基因組育種值估計準確性的影響，并通過改進一步法模型尋找西門塔爾牛群體重要經(jīng)濟性狀的最適加權(quán)參數(shù)。模擬數(shù)據(jù)結(jié)果顯示，當群體大小為1000，缺失5％的個體表型時，準確性減少0.3～3.3個百分點;缺失10％的個體表型時，準確性減少0.7～4.5個百分點。另外，當表型缺失比例相同

4、時，低遺傳力性狀的基因組育種值估計準確性降低幅度要高于中高遺傳力性狀。利用GBLUP方法估計西門塔爾牛20個重要經(jīng)濟性狀的基因組育種值的準確性在0.10～0.46之間，而一步法估計的準確性在0.13～0.49之間，對于大部分性狀，一步法估計的基因組育種值準確性要優(yōu)于GBLUP。當加權(quán)系數(shù)為0.4時，六個重要經(jīng)濟性狀包括日增重、宰前活重、胴體重、零售肉重、屠宰率和凈肉率性狀的平均基因組育種值估計的準確性最高，因此，該參數(shù)可以看作是西門塔爾

5、牛群體的最適加權(quán)系數(shù)。
　　(3)利用多性狀模型進行西門塔爾?；蚪M選擇研究，探索表型缺失對基因組育種值估計準確性的影響，并與單性狀模型估計的基因組育種值準確性進行比較研究。當無表型缺失時，對于低遺傳力性狀，多性狀BayesBLUP模型和多性狀BayesA模型相比于單性狀模型，13個性狀基因組育種值提高的平均幅度分別為1.4個百分點和0.8個百分點，其中基因組育種值最大提高4.8個百分點（剪切力），同時對于遺傳相關(guān)較高的性狀，如宰