長江水系大眼鱖的遺傳多樣性研究.pdf

1、大眼鱖(Siniperca kneri)，隸屬鱸形目(Perciformes)、鮨科(Serranidae)、鱖亞科(Sinipercinae)。大眼鱖是東亞地區(qū)特有的名貴魚類，具有很高的經(jīng)濟價值。但是，近年來，由于過度捕撈、人工放流、環(huán)境污染以及水壩的修建等因素的影響，野生大眼鱖的遺傳多樣性面臨下降的趨勢。
　　本論文采用線粒體細胞色素b(Cytochrome b，Cytb)基因及控制區(qū)序列，對長江水系大眼鱖的4個群體（赤水河群

2、體—CS、南京群體—NJ、岳陽群體—YC、宜昌群體—YY）共計79尾個體進行分析，探討其遺傳多樣性、遺傳分化、以及種群演化歷史，從而為有效、合理開發(fā)利用大眼鱖資源提供基礎數(shù)據(jù)支撐。主要內容如下:
　　1.大眼鱖的遺傳多樣性研究:Cytb分析
　　采用PCR擴增、直接測序法，獲得4個大眼鱖群體共計79尾魚的Cytb基因全序列（長度為1141bp），共檢測到26種單倍型。單倍型多樣性（Haplotypediversity，Hd）

3、指數(shù)為0.685(CS)-0.924(YY)，核苷酸多樣性(nucleotide diversity，(π))指數(shù)為0.00176(CS)-0.00285(YC)。大眼鱖群體呈現(xiàn)出高單倍型多樣性和低核苷酸多樣性的特點，推測群體可能經(jīng)歷過瓶頸效應。群體內與群體間的遺傳距離均在0.002-0.003之間。Fst統(tǒng)計數(shù)據(jù)表明，最高水平的分化在CS和YY之間(Fst=0.12439)，最低水平的分化是在NJ與YC之間(Fst=-0.03254)

4、。分子方差（Analysis of Molecular Variance，AMOVA）、NJ、UPGMA、MP進化樹和中間連接網(wǎng)絡圖（Median-Joining network，MJ）分析均顯示4個大眼鱖群體沒有產(chǎn)生明顯的地理分化。中性檢驗(Neutral test)和歧點分布(Mismatch analysis)分析表明大眼鱖群體在歷史上曾經(jīng)歷過種群擴張，推算擴張時間為11.4萬年左右。
　　2.大眼鱖的遺傳多樣性研究:D-l

5、oop分析
　　采用PCR擴增、直接測序法，獲得4個大眼鱖群體共計79尾魚的D-loop全序列（長度為834-840bp），共檢測到46種單倍型。單倍型多樣性(Haplotypediversity，Hd)指數(shù)為0.754(CS)-0.990(NJ)，核苷酸多樣性(nucleotide diversity，(π))指數(shù)為0.00548(CS)-0.01412(YY)。群體內遺傳距離在0.005-0.014之間，其中，CS群體內的遺傳

6、距離最小，為0.005;YY群體內的遺傳距離最大，為0.014。群體間的遺傳距離在0.008-0.012之間，YY群體與其它三個群體間的遺傳距離較大。Fst統(tǒng)計數(shù)據(jù)表明，最高水平的分化在CS和YY之間(Fst=0.08435)，最低水平的分化是在NJ與YC之間(Fst=-0.00943)。分子方差(Analysis of MolecularVariance，AMOVA)、NJ、UPGMA、MP進化樹和中間連接網(wǎng)絡圖(Median-Joi