結(jié)腸癌外周血中差異表達(dá)基因的來(lái)源.pdf

1、目前已經(jīng)有很多研究基于全血基因表達(dá)譜尋找對(duì)人體侵襲性小的癌癥診斷mRNA標(biāo)記物,用于癌癥的早期診斷。由于全血是由不同免疫細(xì)胞構(gòu)成的異質(zhì)性材料,尋找到的癌癥標(biāo)記物很可能反映的是不同免疫細(xì)胞比例構(gòu)成的改變。另外由于炎癥常常是癌癥鑒別中的一個(gè)混淆因素,而目前尚沒(méi)有研究進(jìn)一步評(píng)估尋找到的全血癌癥診斷mRNA標(biāo)記物能否區(qū)分癌癥和炎癥。我們以結(jié)腸癌和結(jié)節(jié)病為例,結(jié)合去卷積算法與T-test統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)方法,對(duì)癌癥與炎癥全血中免疫細(xì)胞的比例分別相對(duì)于正常

2、全血的改變做了評(píng)估。結(jié)果發(fā)現(xiàn)相對(duì)于正常全血,癌、炎全血中髓系起源的細(xì)胞占全血細(xì)胞的比例均顯著升高,而淋巴系起源的細(xì)胞占全血細(xì)胞的比例均顯著下降。結(jié)腸癌全血相對(duì)于正常全血的差異表達(dá)基因與正常髓系起源的細(xì)胞相對(duì)于正常淋巴系起源的細(xì)胞的差異表達(dá)基因的方向一致性高達(dá)90％以上,提示癌癥全血相對(duì)于正常全血的表達(dá)改變可能歸功于髓系來(lái)源的細(xì)胞與淋巴系來(lái)源的細(xì)胞之間的表達(dá)差異。同樣的現(xiàn)象也發(fā)生在炎癥全血:結(jié)節(jié)病全血相對(duì)于正常全血的差異表達(dá)基因與正常髓系

3、起源的細(xì)胞和正常淋巴系起源的細(xì)胞之間差異表達(dá)基因的方向一致性高達(dá)99％以上。上述結(jié)果表明利用全血基因表達(dá)譜尋找的癌癥診斷mRNA標(biāo)記物來(lái)源于外周血免疫細(xì)胞比例的改變,并且不能區(qū)分癌癥和炎癥。
　　通過(guò)進(jìn)一步分析癌、炎病人外周血中的CD4+、CD8+T細(xì)胞相對(duì)于正常個(gè)體中的表達(dá)改變,發(fā)現(xiàn)在癌癥病人中干擾素介導(dǎo)的信號(hào)通路以及干擾素應(yīng)答相關(guān)的節(jié)點(diǎn)受到差異表達(dá)下調(diào)基因的擾動(dòng),而在炎癥病人中這些功能受到差異表達(dá)上調(diào)基因的擾動(dòng)。并且相對(duì)于正常

4、個(gè)體,ISGs(interferon simulated genes)在癌、炎病人外周血中的CD4+、CD8+T細(xì)胞中發(fā)生了相反的表達(dá)改變。以上結(jié)果提示利用外周血CD4+、CD8+T細(xì)胞基因表達(dá)譜數(shù)據(jù),可以找到區(qū)分癌癥和炎癥的特征。為了克服現(xiàn)有腫瘤診斷mRNA標(biāo)記物對(duì)閾值的依賴(lài),我們利用外周血CD4+T細(xì)胞中基因表達(dá)相對(duì)秩信息尋找能夠區(qū)分癌癥和正常以及癌癥和炎癥的基因?qū)?。最終我們篩選到7個(gè)基因?qū)?這些基因?qū)哂袇^(qū)分出癌癥與正常以及癌癥與