分子可視化建模及其軟件實(shí)現(xiàn).pdf

1、隨著生物信息學(xué)的蓬勃發(fā)展和分子生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)的不斷擴(kuò)大,生物分子的三維結(jié)構(gòu)顯示對(duì)于生物信息的分析起著越來(lái)越重要的作用.蛋白質(zhì)分子可視化軟件HJMV(Hust Java Molecular Viewer)就是基于國(guó)家863計(jì)劃項(xiàng)目——硒相關(guān)蛋白質(zhì)生物信息二級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)而提供的以多種模式遠(yuǎn)程交互觀察分子三維結(jié)構(gòu)的平臺(tái).可視化系統(tǒng)的開(kāi)發(fā)通常是從對(duì)原始數(shù)據(jù)過(guò)濾開(kāi)始,經(jīng)過(guò)映射處理,然后繪制、顯示,再不斷接受反饋的過(guò)程.HJMV分子可視化軟件同樣劃分為

2、數(shù)據(jù)文件的導(dǎo)入、分子三維結(jié)構(gòu)場(chǎng)景圖的構(gòu)建和顯示、以及對(duì)諸如交互操作等外部事件的處理等三個(gè)模塊.蛋白質(zhì)分子的三維空間結(jié)構(gòu)以一種特定的格式儲(chǔ)存在PDB文本文件中,軟件系統(tǒng)能夠讀取并理解這些空間結(jié)構(gòu)以及屬性信息.對(duì)于分子特有的層次結(jié)構(gòu),HJMV以基于Java和Java 3D的幾何模型對(duì)分子構(gòu)建場(chǎng)景圖,按照讀取的空間結(jié)構(gòu)信息,通過(guò)對(duì)場(chǎng)景圖的渲染來(lái)顯示分子的三維結(jié)構(gòu).對(duì)分子構(gòu)建的運(yùn)動(dòng)模型達(dá)到了旋轉(zhuǎn)、平移、放縮等交互操作對(duì)分子坐標(biāo)轉(zhuǎn)換的要求.HJM