長(zhǎng)非編碼RNA與生物大分子相互作用的數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建和分析.pdf

1、長(zhǎng)非編碼RNAs（long non-coding RNAs，lncRNAs）是一類轉(zhuǎn)錄本長(zhǎng)度大于200個(gè)核苷酸的RNA，它們有很小的或者無(wú)編碼蛋白質(zhì)的能力。LncRNAs通過(guò)與DNA、RNA或蛋白質(zhì)等不同分子發(fā)生相互作用在復(fù)雜生物過(guò)程中起重要作用。因此，獲取與lncRNA相互作用的分子是其功能性研究的首要步驟。近些年來(lái)，隨著分子生物技術(shù)的發(fā)展，越來(lái)越多的lncRNA和蛋白質(zhì)等生物大分子的相互作用被發(fā)現(xiàn)。但是這些相互作用數(shù)據(jù)散落在不同的文

2、獻(xiàn)中，沒(méi)有被整合在一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中，不利于研究者使用這些數(shù)據(jù)。因此，本課題旨在建立一個(gè)lncRNA與生物大分子相互作用數(shù)據(jù)庫(kù)（Database of long non-coding RNA interaction，lncRInter），以及分析這些相互作用數(shù)據(jù)。
　　通過(guò)文獻(xiàn)搜索與人工收集，收集得到922條實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的lncNRA與其他分子的相互作用對(duì)。這些相互作用對(duì)來(lái)自16個(gè)物種和510篇文獻(xiàn)，其中包含276個(gè)lncRNAs。接下來(lái)，

3、把這些lncRNA相互作用根據(jù)分子類型分成了七類，分別為RNA–Protein、RNA–TF、RNA–RNA、RNA–DNA、DNA–Protein、DNA–TF和DNA–DNA，此外我們還根據(jù)相互作用模式的不同分成了兩個(gè)模式：結(jié)合和調(diào)節(jié)。在用戶友好型的網(wǎng)頁(yè)界面中，還對(duì)這些相互作用及其分子進(jìn)行了基本信息的注釋，并提供了瀏覽、搜索和提交功能。數(shù)據(jù)分析揭示了大部分與lncRNAs發(fā)生相互作用的蛋白質(zhì)是轉(zhuǎn)錄因子或染色體重塑因子。LncRNA相