基于序列裂解位點的凋亡蛋白亞細(xì)胞定位方法研究.pdf

1、凋亡蛋白對于物種發(fā)育和生物體內(nèi)平衡的維持發(fā)揮著非常重要的作用。由于凋亡蛋白的功能與其所處的亞細(xì)胞位置緊密相關(guān)，因此對凋亡蛋白的亞細(xì)胞位點的準(zhǔn)確預(yù)測有利于理解細(xì)胞程序性死亡的機理及其生物學(xué)功能。近年來，研究者們一直致力于蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位預(yù)測方面的研究，取得了一些成果。但是在細(xì)胞凋亡蛋白的定位預(yù)測研究方面則涉及得較少。
　　 本文基于初始蛋白序列的裂解位點的預(yù)測提出了一種新的凋亡蛋白定位算法。在定位預(yù)測研究中，以往的研究者在提取蛋白

2、質(zhì)序列特征時往往忽略蛋白質(zhì)了分選信號生物信息，其中一種就是信號肽。在新生蛋白質(zhì)上都存在著信號肽，信號肽決定了蛋白質(zhì)分子在細(xì)胞內(nèi)的去向，如果合理利用蛋白質(zhì)信號肽就能預(yù)測蛋白質(zhì)亞細(xì)胞的定位。本文的研究工作如下:
　　 首先用信號肽預(yù)測工具得到裂解位點，將肽鏈分成N-端信號序列和成熟端序列，然后分別從N-端和成熟端提取特征。除了提取兩端序列的氨基酸組分(ACC)作為特征之外，還必須考慮到蛋白質(zhì)序列的整體排列順序信息，即“偽氨基酸”組分

3、(Pse-AAC)來代表氨基酸的順序信息。
　　 其次，提取整個鏈的立體化學(xué)特性作為蛋白質(zhì)序列的特征之一?；谔├瞻被崽匦苑诸悾鶕?jù)單個氨基酸的親疏水特性、大小、酸堿性、極性等其它物理化學(xué)性質(zhì)及考慮到三種較特殊的氨基酸，將20種氨基酸歸為十類。這些特征信息完整地反映了蛋白質(zhì)分子的生物學(xué)和理化性質(zhì)等特征信息。
　　 最后，研究基于三個目前使用比較廣泛的凋亡蛋白基準(zhǔn)數(shù)據(jù)集(ZD98，ZW225和CL317數(shù)據(jù)集)，使用SV