生物序列索引結(jié)構(gòu)構(gòu)造算法研究.pdf

1、創(chuàng)新性聲明本人聲明所呈交的論文是我個人在導(dǎo)師指導(dǎo)下進行的研究工作及取得的研究成果。盡我所知，除了文中特別加以標(biāo)注和致謝中所羅列的內(nèi)容以外，論文中不包含其他人已經(jīng)發(fā)表或撰寫過的研究成果；也不包含為獲得西安電子科技大學(xué)或其它教育機構(gòu)的學(xué)位或證書而使用過的材料。與我一同工作的同志對本研究所做的任何貢獻均已在論文中做了明確的說明并表示了謝意。申請學(xué)位論文與資料若有不實之處，本人承擔(dān)一切相關(guān)責(zé)任。本人簽名：耋型日期坦磋塑三圈關(guān)于論文使用授權(quán)的說明

2、本人完全了解西安電子科技大學(xué)有關(guān)保留和使用學(xué)位論文的規(guī)定，即：研究生在校攻讀學(xué)位期間論文工作的知識產(chǎn)權(quán)單位屬西安電子科技大學(xué)。本人保證畢業(yè)離校后，發(fā)表論文或使用論文工作成果時署名單位仍然為西安電子科技大學(xué)。學(xué)校有權(quán)保留送交論文的復(fù)印件，允許查閱和借閱論文；學(xué)?？梢怨颊撐牡娜炕虿糠謨?nèi)容，可以允許采用影印、縮印或其它復(fù)制手段保存論文。(保密的論文在解密后遵守此規(guī)定)本學(xué)位論文屬于保密，在——年解密后適用本授權(quán)書。本人簽名：導(dǎo)師簽名：日期

3、嬰薄籃呈臼摘要生物信息學(xué)是在生命科學(xué)的研究中，以計算機為工具對生物信息進行儲存、檢索和分析的科學(xué)。如何快速而有效地對生物數(shù)據(jù)進行處理，從而發(fā)現(xiàn)蘊涵于其中的豐富生物知識，是生物信息學(xué)研究的重要內(nèi)容。其中，生物序列的索引技術(shù)是目前的一個研究熱點。本文主要是對生物序列的索引結(jié)構(gòu)進行研究，重點研究了索引結(jié)構(gòu)的構(gòu)造算法。首先介紹了索引技術(shù)的發(fā)展現(xiàn)狀，闡述了后綴樹和后綴數(shù)組索引結(jié)構(gòu)的定義以及相關(guān)概念，總結(jié)了國內(nèi)外現(xiàn)有的索引結(jié)構(gòu)構(gòu)造算法。然后著重介紹

4、并分析了基于后綴數(shù)組和后綴樹等數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)的索引結(jié)構(gòu)構(gòu)造算法。對于較小的序列來說，后綴樹索引是一種很好的解決辦法，但由于存在“內(nèi)存瓶頸”問題，不適合大的序列；而后綴數(shù)組則需較少的存儲空間，但在數(shù)據(jù)搜索方面的效率卻較低。由此，本文基于自頂向下的后綴樹構(gòu)造思想，提出了一種基于后綴樹的索引結(jié)構(gòu)分步構(gòu)造算法。首先對所有后綴按照字母表順序進行排序，再求出有序相鄰后綴之間的最長公共前綴，最后根據(jù)后綴順序和最長公共前綴構(gòu)造后綴樹。該算法不但可以在線性時間