基于染色質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)的基因調(diào)控結(jié)構(gòu)分析.pdf

1、染色質(zhì)三維空間結(jié)構(gòu)對(duì)基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控具有重要的作用，一方面影響基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)域的活性，另一方面調(diào)節(jié)基因組上順式調(diào)控元件與反式作用因子的結(jié)合。多外顯子基因和單外顯子基因具有不同的轉(zhuǎn)錄調(diào)控特點(diǎn)，它們的轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)域可能具有不同的染色質(zhì)相互作用模式。因此，本課題重點(diǎn)研究染色質(zhì)相互作用的全基因組分布，分析多外顯子基因和單外顯子基因在轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)附近區(qū)域的染色質(zhì)相互作用模式，并結(jié)合核小體定位、組蛋白修飾、拓?fù)潢P(guān)聯(lián)結(jié)構(gòu)域(TAD)、基因功能富集分析等研究

2、染色質(zhì)空間位點(diǎn)的相互作用對(duì)多外顯子基因以及單外顯子基因轉(zhuǎn)錄的調(diào)控作用。
　　通過(guò)系統(tǒng)分析人類(lèi)染色質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)，我們發(fā)現(xiàn)染色體內(nèi)部的相互作用強(qiáng)度顯著大于染色體間的相互作用強(qiáng)度，小染色體(chr16-22)之間的相互作用強(qiáng)度要明顯高于較大染色體(chr1-9)之間的相互作用強(qiáng)度，而且染色體間的相互作用強(qiáng)度與基因密度有關(guān)。
　　人類(lèi)基因組多外顯子基因和單外顯子基因在轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)(TSS)附近區(qū)域的染色質(zhì)相互作用模式完全不同，多外

3、顯子基因在TSS上下游2000bp范圍的作用趨勢(shì)是一種“凹槽”模式，即在TSS區(qū)域染色質(zhì)相互作用弱，上下游遠(yuǎn)端位點(diǎn)染色質(zhì)相互作用都逐漸增強(qiáng);而單外顯子基因在TSS下游600bp位點(diǎn)左右形成一種“單峰”模式，即在TSS上游區(qū)域作用強(qiáng)度一般，在基因內(nèi)部區(qū)域作用最強(qiáng)，然后作用強(qiáng)度緩慢降低。在TSS附近，多外顯子基因和單外顯子基因分別形成5種和4種不同的染色質(zhì)相互作用模式圖譜。單外顯子基因位點(diǎn)的平均作用最大頻度小于多外顯子基因位點(diǎn)的平均作用最低