基于生物信息學方法分析急性心肌梗死的表達譜芯片.pdf

1、急性心肌梗死（Acute myocardial infarction，AMI）是冠心病常見的類型之一，具有很高的致死率和致殘率。將近60％的AMI患者超過65歲以上，其臨床表現(xiàn)有不斷的胸骨后劇烈疼痛，伴隨心力衰竭、心房纖顫、心臟破裂等。據(jù)資料顯示，我國AMI患者人數(shù)仍在逐年增加，因此控制AMI患者的增加和探索其發(fā)病機制是我們急需解決的問題。
　　目前研究發(fā)現(xiàn)AMI的發(fā)病原因與生活習慣如吸煙、飲酒和環(huán)境因素等息息相關。治療方法是以再

2、灌注治療輔助藥物治療為主，其緩解率和復發(fā)率仍比較高。最近幾年的研究揭示了遺傳因素也是引起AMI一大危險因素。AMI作為一種受多種遺傳與環(huán)境因素影響的疾病，其在基因及表達水平，特別是候選基因之間的相互關系的研究一直處于初級階段。
　　隨著基因芯片和高通量測序技術的發(fā)展，產生了大量的基因組序列數(shù)據(jù)和信息。AMI作為常見重大疾病之一，其基因芯片數(shù)據(jù)的發(fā)展已成為研究AMI的新趨勢和熱點。本文我們結合生物信息學的方法，來篩選一些與AMI相關

3、的關鍵基因，以期為AMI的基因治療和藥物治療提供參考。我們通過整合分析3個(GSE66360、GSE34198和GSE48060)從GEO(Gene Expression Omnibus)下載下來的AMI相關基因表達譜芯片，首先篩選出與AMI相關的差異表達基因，并進行了功能注釋和通路富集分析，然后為了探討這些基因間的相互關系和其在上游的轉錄水平的調控情況，我們構建PPI、TF-Target、miRNA-Target和TF-Target-

4、miRNA相互作用網(wǎng)絡，最后選取了PRKACA和CAT基因采用Realtime PCR(qRT-PCR)進行了兩個表達初步實驗驗證。
　　本研究中，共識別出622個與AMI相關的差異表達基因，其中251個基因為上調表達和371個基因為下調表達。通過GO和KEGG功能富集分析發(fā)現(xiàn)富集到的功能注釋主要有白細胞激活、血管生成（血管素）、細胞周期、線粒體等生物過程;富集的顯著通路主要有幽門螺桿菌感染過程中的上皮細胞信號、趨化因子信號通路、

5、Wnt信號通路、谷胱甘肽代謝和MAPK信號通路等。
　　本研究預測出了一些候選基因如PRKACA、PHLPP2、PAK1、NCK1、MRE11A、ADCY4、PRKACA、CSNK1E、GPX3、GSTO2、GSTO1、CALM1、ERK5、S100PBP、TNFRSF10B和NUP98等與AMI發(fā)病進程相關，5個轉錄因子MLXIPL、NR2F6、STAT3、Egr-1和MEF2A及hsa-miR-30c與AMI相關。此外，采用R