大芻草苗期轉(zhuǎn)錄組RNA-Seq數(shù)據(jù)的De novo組裝和分析.pdf

1、人類對(duì)玉米的馴化從10000年前農(nóng)業(yè)文明起源的時(shí)候就開始了，而對(duì)于玉米祖先的爭(zhēng)論也一直持續(xù)了很多年。近些年研究者對(duì)一些近源物種染色體形態(tài)數(shù)量、葉綠體、核糖體、同工酶及相關(guān)分子遺傳學(xué)的研究表明大芻草中的Z.m.ssp。parviglumis就是玉米的祖先。本研究利用RNA-Seq技術(shù)，對(duì)大芻草的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了De novo的拼接，并對(duì)拼接得到的轉(zhuǎn)錄本序列進(jìn)行了分析研究，包括對(duì)基因表達(dá)量的統(tǒng)計(jì)，與玉米B73以及其他三種單子葉植物的轉(zhuǎn)錄本或蛋白

2、序列進(jìn)行了比較，通過(guò)GO、KEGG、KOG、UniPort等數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行了簡(jiǎn)單的功能注釋。
　　 本研究以6種大芻草的苗期樣本為研究材料，利用solexa測(cè)序技術(shù)對(duì)其進(jìn)行了RNA-Seq測(cè)序。我們首先對(duì)測(cè)序得到的序列進(jìn)行了質(zhì)量控制，最終保留了原始序列的77%。在確保得到了高質(zhì)量的數(shù)據(jù)后，利用Trinity和TGICL軟件進(jìn)行了De novo的拼接，共得到了58147條大芻草轉(zhuǎn)錄本，它們的平均長(zhǎng)度為1335bp，比B73轉(zhuǎn)錄本普遍偏

3、短，所有的后續(xù)分析研究都基于此拼接結(jié)果。在用RT-PCR進(jìn)行了序列驗(yàn)證后我們較為確信了拼接的準(zhǔn)確性。接著我們采用了BLAST和BLAT兩款軟件將大芻草的轉(zhuǎn)錄本和玉米B73、高粱、短柄草和水稻進(jìn)行了比較，發(fā)現(xiàn)了其中的高度同源序列，然后采用了RPKM值對(duì)大芻草轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)量進(jìn)行了估計(jì)。在對(duì)轉(zhuǎn)錄本的注釋過(guò)程中，我們采用了幾個(gè)常用的功能注釋數(shù)據(jù)庫(kù)，其中UniProt數(shù)據(jù)庫(kù)的注釋較為全面。
　　 本研究中對(duì)于大芻草轉(zhuǎn)錄組的研究，對(duì)大芻草和