蛋白質主鏈三角形拼接帶的扭角計算與二級結構關系分析.pdf

1、南開大學碩士學位論文蛋白質主鏈三角形拼接帶的扭角計算與二級結構關系分析姓名：李開廣申請學位級別：碩士專業(yè)：概率論與數(shù)理統(tǒng)計指導教師：沈世鎰200305201前言蛋白質空間結構分析足生物學的核心課題之一，而二級結構的計算足尋找蛋白質結構特征的基本步驟。只有計算出正確的二級結構才能保證許多其它理論研究，如二繳結構的預測，蛋白質折疊等問題的順利進行，所以能否汁貿(mào)：出正確的二級結構足蛋白質空間結構分析的前提。由蛋白質空間結構數(shù)據(jù)計算二級結構的算

2、法的目的是給出一個能夠判定二級結構的可計貨的判別方法。在生物學中，對蛋白質二級結構的定義已有較為通用的方法f21，這就是用“螺旋與／3折疊作為二級結構分析的基本單元，它們與蛋白質的功能有密切的關系，因此被廣泛的研究，有關二級結構的分類、預測和功能分析有大量的論文發(fā)表，使得關于二級結構的研究已成為生物信息學的一個熱點。但實際上因為在結構描述中存在不少含糊之處卡在實際數(shù)據(jù)中特征不明顯等原因，使得算法上的判定很復雜。計算二級結構的贊法包括：通

3、過模式識別氫鍵的方法f3】，14]，通過檢驗■間的距離[5]，計算p和妒角[(i】、等現(xiàn)有的計算二級結構的方法中，利用氫鍵模式的DSSP算法和STRIDE算法是最為流行的算法。沈世鎰教授提出了一種把蛋白質主鏈分解成三角形拼接帶結構的方法，把蛋白質空間結構的形態(tài)形成歸為不同三角形平面之間相互轉動的夾角，我們稱這些夾角為扭角。由這些扭角的大小大體可決定蛋白質的空間形態(tài)變化，并同時發(fā)現(xiàn)這些扭角在直角坐標系中的位相(也就是在甲面直角坐標系中所在

4、象限的位㈤與c螺旋和∥折疊有密切關系。本文的藎本目的就是比較DSSP善|：法和S，11RIDE努：法的計鐘：結果與沈教授提fj的扭角和位相理淪之問的關系。本文得到在o，螺旋等若干場合，DSSI’的判別結果與蛋白質主鏈扭角的位相理論相一致，我們分析了其中的若干原因。本文在第二節(jié)介紹了關于生物學中蛋白質和二級結構的基本知識，第三節(jié)介紹了現(xiàn)在通行的汁算二級結構的DSSP算法和STRIDE算法，第四節(jié)介紹了蛋白質主鏈三角形拼接帶的扭角與位相理論