中國(guó)東北地區(qū)漢族人群3個(gè)miniSTR基因座遺傳多態(tài)性的研究.pdf

1、目的：短串聯(lián)重復(fù)序列（short tandem repeats，STR）是廣泛存在于人類基因組中的一類具有長(zhǎng)度多態(tài)性的DNA序列，是第二代遺傳學(xué)標(biāo)記。隨著分子生物學(xué)技術(shù)的不斷發(fā)展，使得人類在認(rèn)識(shí)自己的起源方面取得了突破性的進(jìn)展，尤其是熒光標(biāo)記STR復(fù)合擴(kuò)增技術(shù)和全自動(dòng)DNA測(cè)序儀的結(jié)合使STR分析結(jié)果更加數(shù)字化、標(biāo)準(zhǔn)化。MiniSTR作為一種新的STR分型技術(shù)，它重新設(shè)計(jì)引物，使其更接近核心重復(fù)序列，PCR擴(kuò)增的產(chǎn)物比STR分型短一些。

2、MiniSTR技術(shù)是一種有效的從微量以及降解檢材中獲得遺傳信息的方法。本文旨在了解D1S1677、D2S441和D4S2364基因座在東北地區(qū)漢族群體中基因型分布及等位基因頻率等遺傳多態(tài)性數(shù)據(jù)，以及這些基因座在人類學(xué)、群體遺傳學(xué)和法醫(yī)學(xué)等方面的應(yīng)用價(jià)值。 方法：采用Chelex-100法提取138名中國(guó)東北地區(qū)漢族無(wú)關(guān)個(gè)體全血基因組DNA。將基因座D1S1677的上游引物5’端用TAMRA熒光標(biāo)記，基因座D2S441的上游引物用

3、HEX熒光標(biāo)記，基因座D4S2364的上游引物用6-FAM熒光標(biāo)記。應(yīng)用熒光標(biāo)記多重PCR擴(kuò)增技術(shù)，即在同一反應(yīng)體系中同時(shí)擴(kuò)增3個(gè)基因座。采用ABI-310毛細(xì)血管電泳儀對(duì)復(fù)合擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行檢測(cè)和分型。利用遺傳分析軟件對(duì)分型結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。用直接計(jì)數(shù)法計(jì)算等位基因頻率和基因型頻率，用PowerStatsV1．2軟件包自動(dòng)計(jì)算觀察雜合度、個(gè)體識(shí)別率、非父排除率、多態(tài)信息含量、典型父權(quán)指數(shù)等群體遺傳學(xué)參數(shù)。用X2檢驗(yàn)進(jìn)行Hardy-Wein

4、berg平衡的檢測(cè)。應(yīng)用Arlequin3．11軟件進(jìn)行其他國(guó)家和地區(qū)間的比較。 結(jié)果：1．在138例東北地區(qū)漢族人群中，D1S1677基因座觀察到8個(gè)等位基因，15種基因型；D2S441基因座觀察到8個(gè)等位基因，20種基因型；D4S2364基因座觀察到5個(gè)等位基因，10種基因型。D1S1677、D2S441、D4S23643個(gè)miniSTR基因座的觀察雜合度（H）分別為0．746、0．833、0．768；多態(tài)信息含量（PIC）

5、分別為0．59、0．70、0．61；個(gè)體識(shí)別率（DP）分別為0．789、0．866、0．795；非父排除率（PE）分別為0．504、0．662、0．541；典型父權(quán)指數(shù)（TPI）分別為1．97、3．00、2．16。累積個(gè)體識(shí)別率為0．994204，累積非父排除率為0．923049。3個(gè)miniSTR基因座均符合哈迪溫伯格平衡。2．3個(gè)miniSTR基因座等位基因頻率的民族差和地區(qū)差：中國(guó)東北地區(qū)漢族與中國(guó)華東地區(qū)漢族相比較只有基因座D2

6、S441（P=0．093）無(wú)顯著性差異，其他兩個(gè)基因座均具有顯著性差異（P<0．05）；與韓國(guó)人相比較基因座D1S1677和基因座D4S2364的P值分別為0．737、0．574，大于0．05，無(wú)顯著性差異，基因座D2S441具有顯著性差異（P<0．05）；與日本人相比較只有基因座D2S441（P=0．119）無(wú)顯著性差異，其他兩個(gè)基因座均有顯著性差異（P<0．05）；與中國(guó)廣東地區(qū)漢族相比較均具有顯著性差異（P<0．05）；與新加坡中

7、國(guó)人、馬來(lái)人、印第安人相比較均具有顯著性差異（P<0．05）；與意大利人、波蘭人、西班牙人、非洲美國(guó)人、美國(guó)高加索人和美國(guó)拉丁人相比較均具有顯著性差異（P<0．05）。 結(jié)論：1．本研究獲得東北地區(qū)漢族人群3個(gè)miniSTR基因座的等位基因頻率、基因型計(jì)數(shù)等遺傳多態(tài)性數(shù)據(jù)，為人類群體遺傳學(xué)提供了相關(guān)的資料。2．3個(gè)miniSTR基因座在東北地區(qū)漢族人群中具有較高的個(gè)體識(shí)別率和非父排除率，在親子鑒定、個(gè)體識(shí)別、群體遺傳學(xué)、古人類學(xué)